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Klausureinsicht jetzt

Geschrieben am 22.02.24 von Sven Rahmann

Heute und jetzt, 14:00 - 15:00, findet die Klausureinsicht BioStatsLab statt (E2.1, 106).

Klausurergebnisse und Einsicht

Geschrieben am 16.02.24 von Sven Rahmann

Wir haben die Klausur korrigiert. Das Ergebnis ist auf der persönlichen Statusseite sichtbar.

Achtung: Dies ist nur die Klausurnote, nicht die Gesamtnote. Diese berechnet sich aus Klausurnote * 0.8 + Midterm * 0.2. Allerdings ist die Gesamtnote "nicht bestanden", wenn die Klausur nicht bestanden… Weiterlesen

Wir haben die Klausur korrigiert. Das Ergebnis ist auf der persönlichen Statusseite sichtbar.

Achtung: Dies ist nur die Klausurnote, nicht die Gesamtnote. Diese berechnet sich aus Klausurnote * 0.8 + Midterm * 0.2. Allerdings ist die Gesamtnote "nicht bestanden", wenn die Klausur nicht bestanden wurde. Die Gesamtnote wird zur nächstgelegenen validen Note gerundet (z.B. 1.47 auf 1.3, aber 1.5001 auf 1.7).

Wir bieten Gelegenheit zur Klausureinsicht: Donnerstag 22.02. um 14:00 - 15:00 in R.106 (Seminarraum 1. Stock) im ZBI. Gerne sagen wir Ihnen bei der Klausureinsicht auch Ihre Gesamtnote (die Sie aber an Hand der Formel auch selbst ausrechnen können).

Falls Sie vorhaben, an der Nachklausur teilzunehmen, teilen Sie uns dies bitte bis zum oder am 22.02. mit, damit wir einen Termin mit allen Interessierten finden können.

Falls Sie nicht an der Vorlesungsevaluation teilgenommen haben, aber noch Kommentare zur Verbesserung abgeben möchten (oder zusätzliche Kommentare haben), tun Sie dies bitte bald über die anonyme Kommentarfunktion des CMS auf Ihrer persönlichen Statusseite.

Klausurhinweise

Geschrieben am 14.02.24 von Sven Rahmann

Morgen findet ab 09:00 bis 12:00 die Klausur in E2.1 Raum 0.07 (Seminarraum mit richtigen Tischen) statt.
Bitte rechtzeitig (ca. 08:50) da sein und Studierendenausweis und Ausweis mitbringen.
Als Hilfsmittel sind nur Taschenrechner und das CheatSheet (liegt aus) erlaubt.
Die Verwendung von… Weiterlesen

Morgen findet ab 09:00 bis 12:00 die Klausur in E2.1 Raum 0.07 (Seminarraum mit richtigen Tischen) statt.
Bitte rechtzeitig (ca. 08:50) da sein und Studierendenausweis und Ausweis mitbringen.
Als Hilfsmittel sind nur Taschenrechner und das CheatSheet (liegt aus) erlaubt.
Die Verwendung von Mobiltelefonen ist nicht erlaubt.
Bitte bringen Sie einen dokumentenechten Stift (Filzstift, Kugelschreiber) mit, blau oder schwarz, kein rot!, und ggf. Ersatzstifte.
Die Klausurzeit ist keine Mittagspause; Sie können sich aber etwas zu Trinken und ggf. einen kleinen Snack mitbringen.
Es darf kein Klausurmaterial aus dem Raum mitgenommen werden, auch nicht bei Abbruch der Klausur.

Viel Erfolg!

 

Abgabe Übungsblatt 11

Geschrieben am 19.01.24 von Johanna Schmitz

Die Abgabe für Übungsblatt 11 ist jetzt im CMS offen und wurde bis heute Abend 23:59 verlängert.

Evaluation der Veranstaltung & Mentor:inn:en gesucht

Geschrieben am 18.01.24 von Sven Rahmann

Es gibt nun zwei Evaluationslinks auf der Material-Seite (Administrative Information), einmal fürs Tutorium und einmal für die Vorlesung (beides soll getrennt evaluiert werden). Bitte nutzen Sie die Gelegenheit zur Evalaution vor dem 31.01. (danach funktionieren die Links nicht mehr) und geben Sie… Weiterlesen

Es gibt nun zwei Evaluationslinks auf der Material-Seite (Administrative Information), einmal fürs Tutorium und einmal für die Vorlesung (beides soll getrennt evaluiert werden). Bitte nutzen Sie die Gelegenheit zur Evalaution vor dem 31.01. (danach funktionieren die Links nicht mehr) und geben Sie gerne viel Freitext-Feedback, um die Vorlesung weiter zu verbessern. 

Wir haben auch einen Flyer des Gleichstellungsbüros hochgeladen: Es werden noch Mentor:inn:en für Studierende und Schülerinnen gesucht. Bei Interesse bitte lesen und die Ansprechpersonen kontaktieren.

Information: Morgen (Freitag 19.01.) findet die Vorlesung wieder in Präsenz statt. Übungsblatt 12 haben wir vorab hochgeladen.

 

WICHTIG! Morgen (17.01.) Vorlesung online!

Geschrieben am 16.01.24 von Sven Rahmann

Wegen der Wetterwarnung vor extremer Glätte wird die Vorlesung morgen (17.01.) ONLINE stattfinden! Der Zoom Link steht auf der Material-Seite!

Blatt 11 und Folien online

Geschrieben am 14.01.24 von Sven Rahmann

Eigentlich steht alles in der Überschrift. Blatt 11 und die Folien von letzter Woche sind online. Was soll man noch sagen? Es ist kalt draußen, das Wetter ist nicht gut; man kann einfach den Sonntag Abend nutzen, um Aufgaben zu machen. Was soll man sonst tun? Der Tatort heute ist auch nicht aus… Weiterlesen

Eigentlich steht alles in der Überschrift. Blatt 11 und die Folien von letzter Woche sind online. Was soll man noch sagen? Es ist kalt draußen, das Wetter ist nicht gut; man kann einfach den Sonntag Abend nutzen, um Aufgaben zu machen. Was soll man sonst tun? Der Tatort heute ist auch nicht aus Saarbrücken.

Blatt 09

Geschrieben am 02.01.24 von Sven Rahmann

Frohes neues Jahr! Damit euch auch 2024 nicht langweilig wird, haben wir Blatt 09 veröffentlicht (bis Freitag). Es ist ein kurzes Blatt über Momente von kontinuierlichen Verteilungen.

Frohe Feiertage!

Geschrieben am 22.12.23 von Sven Rahmann

Wir wünschen allen frohe Feiertage und schöne kurze Ferien.

Das nächste Übungsblatt wird am 01.01. für die erste Januarwoche (bis Freitag) veröffentlicht.
Bitte reicht, falls noch nicht geschehen, heute noch das aktuelle Übungsblatt und das Midterm-Projekt ein.

Die nächste Vorlesung findet am… Weiterlesen

Wir wünschen allen frohe Feiertage und schöne kurze Ferien.

Das nächste Übungsblatt wird am 01.01. für die erste Januarwoche (bis Freitag) veröffentlicht.
Bitte reicht, falls noch nicht geschehen, heute noch das aktuelle Übungsblatt und das Midterm-Projekt ein.

Die nächste Vorlesung findet am Mittwoch 03.01. statt.

Material und Blatt 08 online

Geschrieben am 16.12.23 von Sven Rahmann

Aufgrund technischer Probleme mit dem CMS gestern Nachmittag stehen Blatt 08, sowie die Materialien dieser Woche erst ab jetzt zur Verfügung.
Bitte beachtet, dass am Freitag 22.12. vor 23:59 die Abgabe von Blatt 08 und des Midterm-Projekts anstehen.

Keine Vorlesug am Mittwoch!

Geschrieben am 27.11.23 von Sven Rahmann

Guten Morgen,

am Mittwoch (29.11.) muss die Vorlesung mangels Vorlesendem leider ausfallen. Die Zeit kann gut für das Midterm-Projekt genutzt werden, oder, wer Lust hat, kann sich 19 Methoden anschauen, wie man (eventuell nicht) die Matrixexponentialfunktion berechnet: Cliver Moler and Charles… Weiterlesen

Guten Morgen,

am Mittwoch (29.11.) muss die Vorlesung mangels Vorlesendem leider ausfallen. Die Zeit kann gut für das Midterm-Projekt genutzt werden, oder, wer Lust hat, kann sich 19 Methoden anschauen, wie man (eventuell nicht) die Matrixexponentialfunktion berechnet: Cliver Moler and Charles van Load: "Nineteen dubious ways to computer the exponential of a matrix". SIAM Review 20(4):801-836 (1978).

Die Vorlesung am Freitag findet planmässig statt.

Midterm-Projekt

Geschrieben am 24.11.23 von Sven Rahmann

Pünktlich zum verregneten Wochenende sind Übungsblatt 5 und das Midterm-Projekt (unter Administratives) online.
Im Projekt geht es um die Analyses eines Kinderspiels. Abgabe ist bis 22.12.; Ergebnisse gibt es Anfang 2024 nach den Ferien.
Viel Spaß damit!

Es stehen ebenfalls die Folien zu… Weiterlesen

Pünktlich zum verregneten Wochenende sind Übungsblatt 5 und das Midterm-Projekt (unter Administratives) online.
Im Projekt geht es um die Analyses eines Kinderspiels. Abgabe ist bis 22.12.; Ergebnisse gibt es Anfang 2024 nach den Ferien.
Viel Spaß damit!

Es stehen ebenfalls die Folien zu Markovketten und Python-Code für die Analyse des Beispiels zur Vefügung.

Die folgenden Blätter werden zunächst eine Theorie-Aufgabe oder eine Programmier-Aufgabe weniger enthalten, um Zeit für das Midterm-Projekt freizuhalten.

Schönes Wochenende!

Zusätzliche Office Hours

Geschrieben am 13.11.23 von Johanna Schmitz

Ab dieser Woche bieten wir jeden Mittwoch von 10:15 - 11:45 zusätzliche Office Hours an (in Raum E2.1, 106), in denen ihr Fragen zu der Vorlesung oder den Übungsblättern stellen könnt.

Bei Fragen vorher bitte kurz per Mail Bescheid sagen (jschmitz@cs.uni-saarland.de) oder bei mir im Büro vorbei… Weiterlesen

Ab dieser Woche bieten wir jeden Mittwoch von 10:15 - 11:45 zusätzliche Office Hours an (in Raum E2.1, 106), in denen ihr Fragen zu der Vorlesung oder den Übungsblättern stellen könnt.

Bei Fragen vorher bitte kurz per Mail Bescheid sagen (jschmitz@cs.uni-saarland.de) oder bei mir im Büro vorbei kommen (Raum E2.1, 1.13).

Erstes Tutorium

Geschrieben am 27.10.23 von Johanna Schmitz

Nächste Woche Dienstag, den 31.10, 10:15 Uhr findet das erste Tutorium in E2.1 Raum 007 statt, in dem Fragen zum aktuellen Übungsblatt / zur Vorlesungsorganisation gestellt werden können.

Für alle die sich noch nicht im Doodle eingetragen haben: der Link zum Doodle findet ihr unter… Weiterlesen

Nächste Woche Dienstag, den 31.10, 10:15 Uhr findet das erste Tutorium in E2.1 Raum 007 statt, in dem Fragen zum aktuellen Übungsblatt / zur Vorlesungsorganisation gestellt werden können.

Für alle die sich noch nicht im Doodle eingetragen haben: der Link zum Doodle findet ihr unter Kursmaterialien und ist noch bis Sonntag offen. Je nach Präferenz, werden wir den wöchentlichen Zeitslot für die zweite Übungsgruppe festlegen.

Teilnahme am BioStatsLab

Geschrieben am 24.10.23 von Sven Rahmann

Die Vorlesung BioStatsLab beginnt morgen (Mittwoch 25.10.) um 08:30 in E2.1, 0.01. Die Vorlesung wird auf Deutsch gehalten; das Material ist weitgehen auf Englisch. Teilnahmeberechtigt sind Studierende des BSc Bioinformatik; die Vorlesung ersetzt MInf3. Studierende anderer Studiengänge sollten mit… Weiterlesen

Die Vorlesung BioStatsLab beginnt morgen (Mittwoch 25.10.) um 08:30 in E2.1, 0.01. Die Vorlesung wird auf Deutsch gehalten; das Material ist weitgehen auf Englisch. Teilnahmeberechtigt sind Studierende des BSc Bioinformatik; die Vorlesung ersetzt MInf3. Studierende anderer Studiengänge sollten mit ihrem Prüfungsausschuss klären, ob dies auch möglich ist (vermutlich nicht!).

Show all

BioStatsLab (a BSc Bioinformatics Replacement for MInf3)

Basic mandatory course, B.Sc. Bioinformatics, Saarland University.

Prerequisites Mathematics (MInf1+Minf2, especially some  analysis and linear algebra); some programming skills
Credits 9 ECTS credits
Required time 4V+2Ü (4 hours of lectures, 2 hours of tutorials per week)
Language German (Materials in English; course language is German)
Registration click on Registration in the menu header
Details available after registration in the Course Management system
Times
 

Lecture: Wednesday 08:30 - 10:00 (starts on Wed Oct 25) and Friday 12:15 - 13:45
Tutorials: Tuesday, 10:15 + possibly another time
Office Hours: Wednesday 10:15 - 11:45

Mode lecture in presence in E2.1, room 0.01
Link https://cms.sic.saarland/biostatslab23
Instructor Prof. Dr. Sven Rahmann
Tutorials M. Sc. Johanna Schmitz

 

Target audience 

This course is offered as a basic lecture in the B.Sc. Bioinformatics program as a replacement for Mathematics for Informaticians 3 (MInf3).
Thus it should be taken in the 3rd semester, after completing MInf1 and MInf2, as well as Programming 1 & 2.

You will need some programming skills to qualify for the exam. Best would be Python, but you can use a language of your choice.
Please do not waste your time by attempting this course without a solid basis in programming.

 

Topics

The following topics will be covered in the course; additional topics may be included, depending on time and current events.

Probability

  • randomness
  • uniform distributions on finite sets (Laplace spaces)
  • elementary and advanced combinatorics
  • finite, discrete and continuous probability spaces
  • random variables
  • discrete probability distributions and where they come from
  • probability distributions and OOP, scipy.stats
  • conditional probabilities
  • Bayes’ Theorem, simple version
  • continuous probability distributions
  • a glimpse at measure theory
  • posterior distributions

Statistics

  • descriptive statistics
  • moments of random variables (expectation, variance, …)
  • parametric models
  • statistical testing (frequentist view)
  • statistical testing (Bayesian view)
  • parameter estimation: moments, maximum likelihood
  • parameter estimation in mixture models: EM algorithm
  • regression (simple linear, logistic, robust, multiple)
  • regularization and Bayesian view on estimation
  • robust regression
  • multiple regression
  • logistic regression

Stochastic Processes

  • stochastic processes
  • models for random sequences
  • Markov chains
  • Markov processes: models of sequence evolution
  • Hidden Markov Models and applications
  • Probabilistic Arthimetic Automata (PAAs) and applications
  • the Poisson process
  • distribution of DNA Motif Occurrences: compound Poisson
  • significance of pairwise sequence alignment

Applications in Bioinformatics

  • tests for differential gene expression
  • Bayesian view on differential gene expression
  • high-dimensionality low-sample problem
  • multiple testing
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