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Einsicht der Nachklausur-Ergebnisse am Freitag 12.04. um 11Geschrieben am 09.04.24 von Sven Rahmann Die Noten der Nachklausur stehen auf der persönlichen Statusseite. Es handelt sich um die reinen Klausurnoten ohne Midterm-Bonus. Es kann Einsicht genommen werden in die Ergebnisse am Freitag 12.04. um 11 Uhr (bis 11:30) im Seminarraum 1.06 in E2.1 (ZBI). Danach werden die endgültigen Noten im… Weiterlesen Die Noten der Nachklausur stehen auf der persönlichen Statusseite. Es handelt sich um die reinen Klausurnoten ohne Midterm-Bonus. Es kann Einsicht genommen werden in die Ergebnisse am Freitag 12.04. um 11 Uhr (bis 11:30) im Seminarraum 1.06 in E2.1 (ZBI). Danach werden die endgültigen Noten im LSF eingetragen (inkl. Midterm-Bonus). Wenn man beide Klausuren in der Regelstudienzeit mitgeschrieben hat, zählt das bessere Ergebnis (jeweils mit Midterm-Bonus). Damit ist die Vorlesung beendet; wir wünschen ein schönes Sommersemester!
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Reminder: Nachklausuranmeldung LSFGeschrieben am 27.03.24 von Johanna Schmitz Die Nachklausur findet am Mittwoch, 03.04. von 09 - 12 Uhr statt. Bitte denkt daran auch bis heute Abend im LSF anzumelden, wenn ihr an der Klausur teilnehmen möchtet. |
Nachklausur verlegt auf Mittwoch 03.04.2024 09-12 UhrGeschrieben am 18.03.24 von Sven Rahmann Aufgrund der Abstimmung im nuudel verlegen wir die Nachklausur auf MITTWOCH 03.04. von 09 - 12 Uhr. Anmeldung in Kürze über LSF; weiterhin schöne Ferien! |
Termin-Doodle und BachelorarbeitsthemenGeschrieben am 08.03.24 von Sven Rahmann Da der 04.04. nicht allen gut passt, gibt es jetzt ein Doodle. Wenn Sie Interesse an der Nachklausur haben, tragen Sie sich bitte hier ein und geben alle in Frage kommenden Termine an (ggf. auch in "gelb", "wenn es sein muss"): https://nuudel.digitalcourage.de/mXNGimAB4yUniH9w Noch ein Hinweis:… Weiterlesen Da der 04.04. nicht allen gut passt, gibt es jetzt ein Doodle. Wenn Sie Interesse an der Nachklausur haben, tragen Sie sich bitte hier ein und geben alle in Frage kommenden Termine an (ggf. auch in "gelb", "wenn es sein muss"): https://nuudel.digitalcourage.de/mXNGimAB4yUniH9w Noch ein Hinweis: Wir bieten derzeit auch Bachelorarbeitsthemen im Umfeld des Vorlesungsstoffs an, z.B. die Modellierung von Transkriptionsfaktor-Affinität in einem Genomabschnitt mit Hilfe von Positions-Gewichts-Matrizen und weiteren stochastischen Modellen. Der biologische Kontext ist die Evolution von Viren unter Selektionsdruck (z.B. durch Medikamente). Bei Interesse bitte per Email melden.
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Nachklausur Donnerstag 04.04.Geschrieben am 04.03.24 (letzte Änderung am 04.03.24) von Sven Rahmann Wir beabsichtigen, die Nachklausur am Donnerstag 04.04. anzubieten, wieder von 9 bis 12 (selber Raum, wenn möglich). Wenn es dagegen Einwände gibt, bitte schnell Bescheid sagen! sonst machen wir das fest, buchen einen Raum und schalten die LSF-Anmeldung in Kürze frei. |
Klausureinsicht jetztGeschrieben am 22.02.24 von Sven Rahmann Heute und jetzt, 14:00 - 15:00, findet die Klausureinsicht BioStatsLab statt (E2.1, 106). |
Klausurergebnisse und EinsichtGeschrieben am 16.02.24 von Sven Rahmann Wir haben die Klausur korrigiert. Das Ergebnis ist auf der persönlichen Statusseite sichtbar. Achtung: Dies ist nur die Klausurnote, nicht die Gesamtnote. Diese berechnet sich aus Klausurnote * 0.8 + Midterm * 0.2. Allerdings ist die Gesamtnote "nicht bestanden", wenn die Klausur nicht bestanden… Weiterlesen Wir haben die Klausur korrigiert. Das Ergebnis ist auf der persönlichen Statusseite sichtbar. Achtung: Dies ist nur die Klausurnote, nicht die Gesamtnote. Diese berechnet sich aus Klausurnote * 0.8 + Midterm * 0.2. Allerdings ist die Gesamtnote "nicht bestanden", wenn die Klausur nicht bestanden wurde. Die Gesamtnote wird zur nächstgelegenen validen Note gerundet (z.B. 1.47 auf 1.3, aber 1.5001 auf 1.7). Wir bieten Gelegenheit zur Klausureinsicht: Donnerstag 22.02. um 14:00 - 15:00 in R.106 (Seminarraum 1. Stock) im ZBI. Gerne sagen wir Ihnen bei der Klausureinsicht auch Ihre Gesamtnote (die Sie aber an Hand der Formel auch selbst ausrechnen können). Falls Sie vorhaben, an der Nachklausur teilzunehmen, teilen Sie uns dies bitte bis zum oder am 22.02. mit, damit wir einen Termin mit allen Interessierten finden können. Falls Sie nicht an der Vorlesungsevaluation teilgenommen haben, aber noch Kommentare zur Verbesserung abgeben möchten (oder zusätzliche Kommentare haben), tun Sie dies bitte bald über die anonyme Kommentarfunktion des CMS auf Ihrer persönlichen Statusseite. |
KlausurhinweiseGeschrieben am 14.02.24 von Sven Rahmann Morgen findet ab 09:00 bis 12:00 die Klausur in E2.1 Raum 0.07 (Seminarraum mit richtigen Tischen) statt. Morgen findet ab 09:00 bis 12:00 die Klausur in E2.1 Raum 0.07 (Seminarraum mit richtigen Tischen) statt. Viel Erfolg!
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Abgabe Übungsblatt 11Geschrieben am 19.01.24 von Johanna Schmitz Die Abgabe für Übungsblatt 11 ist jetzt im CMS offen und wurde bis heute Abend 23:59 verlängert. |
Evaluation der Veranstaltung & Mentor:inn:en gesuchtGeschrieben am 18.01.24 von Sven Rahmann Es gibt nun zwei Evaluationslinks auf der Material-Seite (Administrative Information), einmal fürs Tutorium und einmal für die Vorlesung (beides soll getrennt evaluiert werden). Bitte nutzen Sie die Gelegenheit zur Evalaution vor dem 31.01. (danach funktionieren die Links nicht mehr) und geben Sie… Weiterlesen Es gibt nun zwei Evaluationslinks auf der Material-Seite (Administrative Information), einmal fürs Tutorium und einmal für die Vorlesung (beides soll getrennt evaluiert werden). Bitte nutzen Sie die Gelegenheit zur Evalaution vor dem 31.01. (danach funktionieren die Links nicht mehr) und geben Sie gerne viel Freitext-Feedback, um die Vorlesung weiter zu verbessern. Wir haben auch einen Flyer des Gleichstellungsbüros hochgeladen: Es werden noch Mentor:inn:en für Studierende und Schülerinnen gesucht. Bei Interesse bitte lesen und die Ansprechpersonen kontaktieren. Information: Morgen (Freitag 19.01.) findet die Vorlesung wieder in Präsenz statt. Übungsblatt 12 haben wir vorab hochgeladen.
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WICHTIG! Morgen (17.01.) Vorlesung online!Geschrieben am 16.01.24 von Sven Rahmann Wegen der Wetterwarnung vor extremer Glätte wird die Vorlesung morgen (17.01.) ONLINE stattfinden! Der Zoom Link steht auf der Material-Seite! |
Blatt 11 und Folien onlineGeschrieben am 14.01.24 von Sven Rahmann Eigentlich steht alles in der Überschrift. Blatt 11 und die Folien von letzter Woche sind online. Was soll man noch sagen? Es ist kalt draußen, das Wetter ist nicht gut; man kann einfach den Sonntag Abend nutzen, um Aufgaben zu machen. Was soll man sonst tun? Der Tatort heute ist auch nicht aus… Weiterlesen Eigentlich steht alles in der Überschrift. Blatt 11 und die Folien von letzter Woche sind online. Was soll man noch sagen? Es ist kalt draußen, das Wetter ist nicht gut; man kann einfach den Sonntag Abend nutzen, um Aufgaben zu machen. Was soll man sonst tun? Der Tatort heute ist auch nicht aus Saarbrücken. |
Blatt 09Geschrieben am 02.01.24 von Sven Rahmann Frohes neues Jahr! Damit euch auch 2024 nicht langweilig wird, haben wir Blatt 09 veröffentlicht (bis Freitag). Es ist ein kurzes Blatt über Momente von kontinuierlichen Verteilungen. |
Frohe Feiertage!Geschrieben am 22.12.23 von Sven Rahmann Wir wünschen allen frohe Feiertage und schöne kurze Ferien. Das nächste Übungsblatt wird am 01.01. für die erste Januarwoche (bis Freitag) veröffentlicht. Die nächste Vorlesung findet am… Weiterlesen Wir wünschen allen frohe Feiertage und schöne kurze Ferien. Das nächste Übungsblatt wird am 01.01. für die erste Januarwoche (bis Freitag) veröffentlicht. Die nächste Vorlesung findet am Mittwoch 03.01. statt. |
Material und Blatt 08 onlineGeschrieben am 16.12.23 von Sven Rahmann Aufgrund technischer Probleme mit dem CMS gestern Nachmittag stehen Blatt 08, sowie die Materialien dieser Woche erst ab jetzt zur Verfügung. |
Keine Vorlesug am Mittwoch!Geschrieben am 27.11.23 von Sven Rahmann Guten Morgen, am Mittwoch (29.11.) muss die Vorlesung mangels Vorlesendem leider ausfallen. Die Zeit kann gut für das Midterm-Projekt genutzt werden, oder, wer Lust hat, kann sich 19 Methoden anschauen, wie man (eventuell nicht) die Matrixexponentialfunktion berechnet: Cliver Moler and Charles… Weiterlesen Guten Morgen, am Mittwoch (29.11.) muss die Vorlesung mangels Vorlesendem leider ausfallen. Die Zeit kann gut für das Midterm-Projekt genutzt werden, oder, wer Lust hat, kann sich 19 Methoden anschauen, wie man (eventuell nicht) die Matrixexponentialfunktion berechnet: Cliver Moler and Charles van Load: "Nineteen dubious ways to computer the exponential of a matrix". SIAM Review 20(4):801-836 (1978). Die Vorlesung am Freitag findet planmässig statt. |
Midterm-ProjektGeschrieben am 24.11.23 von Sven Rahmann Pünktlich zum verregneten Wochenende sind Übungsblatt 5 und das Midterm-Projekt (unter Administratives) online. Es stehen ebenfalls die Folien zu… Weiterlesen Pünktlich zum verregneten Wochenende sind Übungsblatt 5 und das Midterm-Projekt (unter Administratives) online. Es stehen ebenfalls die Folien zu Markovketten und Python-Code für die Analyse des Beispiels zur Vefügung. Die folgenden Blätter werden zunächst eine Theorie-Aufgabe oder eine Programmier-Aufgabe weniger enthalten, um Zeit für das Midterm-Projekt freizuhalten. Schönes Wochenende! |
Zusätzliche Office HoursGeschrieben am 13.11.23 von Johanna Schmitz Ab dieser Woche bieten wir jeden Mittwoch von 10:15 - 11:45 zusätzliche Office Hours an (in Raum E2.1, 106), in denen ihr Fragen zu der Vorlesung oder den Übungsblättern stellen könnt. Bei Fragen vorher bitte kurz per Mail Bescheid sagen (jschmitz@cs.uni-saarland.de) oder bei mir im Büro vorbei… Weiterlesen Ab dieser Woche bieten wir jeden Mittwoch von 10:15 - 11:45 zusätzliche Office Hours an (in Raum E2.1, 106), in denen ihr Fragen zu der Vorlesung oder den Übungsblättern stellen könnt. Bei Fragen vorher bitte kurz per Mail Bescheid sagen (jschmitz@cs.uni-saarland.de) oder bei mir im Büro vorbei kommen (Raum E2.1, 1.13). |
Erstes TutoriumGeschrieben am 27.10.23 von Johanna Schmitz Nächste Woche Dienstag, den 31.10, 10:15 Uhr findet das erste Tutorium in E2.1 Raum 007 statt, in dem Fragen zum aktuellen Übungsblatt / zur Vorlesungsorganisation gestellt werden können. Für alle die sich noch nicht im Doodle eingetragen haben: der Link zum Doodle findet ihr unter… Weiterlesen Nächste Woche Dienstag, den 31.10, 10:15 Uhr findet das erste Tutorium in E2.1 Raum 007 statt, in dem Fragen zum aktuellen Übungsblatt / zur Vorlesungsorganisation gestellt werden können. Für alle die sich noch nicht im Doodle eingetragen haben: der Link zum Doodle findet ihr unter Kursmaterialien und ist noch bis Sonntag offen. Je nach Präferenz, werden wir den wöchentlichen Zeitslot für die zweite Übungsgruppe festlegen. |
Teilnahme am BioStatsLabGeschrieben am 24.10.23 von Sven Rahmann Die Vorlesung BioStatsLab beginnt morgen (Mittwoch 25.10.) um 08:30 in E2.1, 0.01. Die Vorlesung wird auf Deutsch gehalten; das Material ist weitgehen auf Englisch. Teilnahmeberechtigt sind Studierende des BSc Bioinformatik; die Vorlesung ersetzt MInf3. Studierende anderer Studiengänge sollten mit… Weiterlesen Die Vorlesung BioStatsLab beginnt morgen (Mittwoch 25.10.) um 08:30 in E2.1, 0.01. Die Vorlesung wird auf Deutsch gehalten; das Material ist weitgehen auf Englisch. Teilnahmeberechtigt sind Studierende des BSc Bioinformatik; die Vorlesung ersetzt MInf3. Studierende anderer Studiengänge sollten mit ihrem Prüfungsausschuss klären, ob dies auch möglich ist (vermutlich nicht!). |
BioStatsLab (a BSc Bioinformatics Replacement for MInf3)
Basic mandatory course, B.Sc. Bioinformatics, Saarland University.
Prerequisites | Mathematics (MInf1+Minf2, especially some analysis and linear algebra); some programming skills |
Credits | 9 ECTS credits |
Required time | 4V+2Ü (4 hours of lectures, 2 hours of tutorials per week) |
Language | German (Materials in English; course language is German) |
Registration | click on Registration in the menu header |
Details | available after registration in the Course Management system |
Times |
Lecture: Wednesday 08:30 - 10:00 (starts on Wed Oct 25) and Friday 12:15 - 13:45 |
Mode | lecture in presence in E2.1, room 0.01 |
Link | https://cms.sic.saarland/biostatslab23 |
Instructor | Prof. Dr. Sven Rahmann |
Tutorials | M. Sc. Johanna Schmitz |
Target audience
This course is offered as a basic lecture in the B.Sc. Bioinformatics program as a replacement for Mathematics for Informaticians 3 (MInf3).
Thus it should be taken in the 3rd semester, after completing MInf1 and MInf2, as well as Programming 1 & 2.
You will need some programming skills to qualify for the exam. Best would be Python, but you can use a language of your choice.
Please do not waste your time by attempting this course without a solid basis in programming.
Topics
The following topics will be covered in the course; additional topics may be included, depending on time and current events.
Probability
- randomness
- uniform distributions on finite sets (Laplace spaces)
- elementary and advanced combinatorics
- finite, discrete and continuous probability spaces
- random variables
- discrete probability distributions and where they come from
- probability distributions and OOP, scipy.stats
- conditional probabilities
- Bayes’ Theorem, simple version
- continuous probability distributions
- a glimpse at measure theory
- posterior distributions
Statistics
- descriptive statistics
- moments of random variables (expectation, variance, …)
- parametric models
- statistical testing (frequentist view)
- statistical testing (Bayesian view)
- parameter estimation: moments, maximum likelihood
- parameter estimation in mixture models: EM algorithm
- regression (simple linear, logistic, robust, multiple)
- regularization and Bayesian view on estimation
- robust regression
- multiple regression
- logistic regression
Stochastic Processes
- stochastic processes
- models for random sequences
- Markov chains
- Markov processes: models of sequence evolution
- Hidden Markov Models and applications
- Probabilistic Arthimetic Automata (PAAs) and applications
- the Poisson process
- distribution of DNA Motif Occurrences: compound Poisson
- significance of pairwise sequence alignment
Applications in Bioinformatics
- tests for differential gene expression
- Bayesian view on differential gene expression
- high-dimensionality low-sample problem
- multiple testing