Bioinformatik 2

Olga Kalinina, Andrea Volkamer

News

Termin Nachklausur - Umfrage

Geschrieben am 25.07.24 von Maximilian Bähr

Liebe Bioinformatik Studierende,

bitte füllt die folgende Umfrage mit euren richtigen Namen aus, falls ihr die Nachklausur schreiben wollt:

https://nuudel.digitalcourage.de/QvRtuAHEluxvMl6D

Solltet ihr unbedingt anonym bleiben wollen bitte füllt die Umfrage unter Pseudonym aus aber schickt… Weiterlesen

Liebe Bioinformatik Studierende,

bitte füllt die folgende Umfrage mit euren richtigen Namen aus, falls ihr die Nachklausur schreiben wollt:

https://nuudel.digitalcourage.de/QvRtuAHEluxvMl6D

Solltet ihr unbedingt anonym bleiben wollen bitte füllt die Umfrage unter Pseudonym aus aber schickt uns eine Zuordnung per mail.

-Euer Bioinformatik 2 Team

Qualis Evaluierung

Geschrieben am 24.07.24 (letzte Änderung am 24.07.24) von Ana Shikhiashvili

Liebe Studierende,

 

hier findet ihr zwei Links zur Evaluierung der Vorlesung und des Tutoriums. Es wäre gut,  wenn ihr diese ausfüllt, damit die Vorlesung/ das Tutorium möglicherweise verbessert werden kann. Das Ganze geschieht natürlich anonym. Die Links sind noch bis zum 31.07.24… Weiterlesen

Liebe Studierende,

 

hier findet ihr zwei Links zur Evaluierung der Vorlesung und des Tutoriums. Es wäre gut,  wenn ihr diese ausfüllt, damit die Vorlesung/ das Tutorium möglicherweise verbessert werden kann. Das Ganze geschieht natürlich anonym. Die Links sind noch bis zum 31.07.24 geöffnet.

Link zur Evaluierung des Tutoriums: https://qualis.uni-saarland.de/eva/?l=1510471&p=4q87et

Link zur Evaluierung der Vorlesung: https://qualis.uni-saarland.de/eva/?l=151047&p=8qsjez

 

Vielen Dank!

Euer Bioinformatik 2 Team

Klausur Ergebnisse und Einsicht

Geschrieben am 24.07.24 von Katharina Buchthal

Liebe Studierende,

die Ergebnisse der gestrigen Klausur sind nun im CMS einsehbar.
Die Einsicht der Klausur wird morgen (Donnerstag, 25.7.) um 14:15 bis 15:45 Uhr in Raum 007 stattfinden. Für die Einsicht benötigt ihr euren Studierendenausweis.

Liebe Grüße

Bioinformatik 2 Klausur (23.07.)

Geschrieben am 22.07.24 von Katharina Buchthal

Liebe Studierende,

 

hier noch ein paar letzte Informationen zur morgigen Klausur:

  1. Die Klausur beginnt um 14:00 Uhr und dauert 2 Stunden. Damit wir pünktlich beginnen können, würden wir euch bitten, schon 5 Minuten früher da zu sein.
  2. In der Klausur sind keine Hilfsmittel, wie cheat… Weiterlesen

Liebe Studierende,

 

hier noch ein paar letzte Informationen zur morgigen Klausur:

  1. Die Klausur beginnt um 14:00 Uhr und dauert 2 Stunden. Damit wir pünktlich beginnen können, würden wir euch bitten, schon 5 Minuten früher da zu sein.
  2. In der Klausur sind keine Hilfsmittel, wie cheat sheet oder Taschenrechner, erlaubt.
  3. In der Klausur darf nur mit dokumentenechten Stiften (wie z.B. ein Kugelschreiber, ein Füller ist nicht dokumentenecht) geschrieben. Eventuell benötigtes Konzeptpapier wird von uns bereitgestellt und muss, und soll, deshalb nicht selbst mitgebracht.
  4. Bitte denkt daran, euren Studentenausweis mitzubringen.

 

Wir wünschen euch viel Erfolg für morgen!

Feedback Regression

Geschrieben am 12.07.24 von Maximilian Bähr

Liebe Bioinformatik Studierende,

das Feedback für die Abgabe eurer Regression ist nun sichtbar, bitte beachtet, dass die Deadline für die Resubmission des Regressors ebenfalls Montag, der 15.07 16:00 ist.

-Eure Tutoren

Vorstellung der Challenge-Ergebnisse

Geschrieben am 11.07.24 von Ana Shikhiashvili

Liebe Studierende,

die Vortragsrunde, in der ihr eure Ergebnisse der Challenge präsentiert, wird nächste Woche Dienstag (16.07.) in der Vorlesung (14 Uhr) stattfinden. Die Teilnahme ist verpflichtend und Voraussetzung zum Bestehen der Challenge.

Im Vortrag sollt ihr in 5-10 Minuten eure… Weiterlesen

Liebe Studierende,

die Vortragsrunde, in der ihr eure Ergebnisse der Challenge präsentiert, wird nächste Woche Dienstag (16.07.) in der Vorlesung (14 Uhr) stattfinden. Die Teilnahme ist verpflichtend und Voraussetzung zum Bestehen der Challenge.

Im Vortrag sollt ihr in 5-10 Minuten eure Herangehensweise an die Challenge (verwendete Modelle, Hyperparameter, Sampling-Methoden, ...) sowie eure Resultate auf den zehn Beispielmedikamenten vorstellen. Anschließend werden die Challenge-Gewinner bekannt gegeben.

 

Viele Grüße,

Euer Bioinformatik 2 Team

 

Uhrzeit Nachklausur

Geschrieben am 09.07.24 von Ana Shikhiashvili

Liebe Studierende,

die Nachklausur wird am 08.10 um 14:00 Uhr stattfinden.

-Euer Bioinformatik 2 Team. 

Klarstellung Resubmit

Geschrieben am 09.07.24 von Maximilian Bähr

Liebe Bioinfromatik Studierende,

bitte beachtet, dass der Resubmit lediglich zur Behebung eurer Fehler dient, allerdings nicht um ein neues (besseres) Modell zu verwenden oder ähnliche Verbesserungen vorzunehmen.

-Eure Tutoren

Feedback Klassifikation

Geschrieben am 08.07.24 (letzte Änderung am 08.07.24) von Maximilian Bähr

Liebe Bioinformatik studierende,

eine vorab version eures Feedbacks für die Klassifikations Challenge ist jetzt online. Wir haben dort eure Fehler grob beschrieben, später im Tutorium gibt es Folien mit genaueren Erklärungen.

Ebenfalls ist die Abgabe für eure Resubmission geöffnet.

Bitte… Weiterlesen

Liebe Bioinformatik studierende,

eine vorab version eures Feedbacks für die Klassifikations Challenge ist jetzt online. Wir haben dort eure Fehler grob beschrieben, später im Tutorium gibt es Folien mit genaueren Erklärungen.

Ebenfalls ist die Abgabe für eure Resubmission geöffnet.

Bitte beachtet, dass die Deadline für die Resubmission: Montag, den 15. Juli 16:00!

Bei Fragen, kommt bitte in das Tutorium heute oder nutzt das Forum!

Termin Nachklausur (08.10)

Geschrieben am 05.07.24 von Maximilian Bähr

Liebe Bioinformatik Studierende,

der Termin für die Nachklausur wird auf den 08.10 fallen.

Gruß,

euer Bioinformatik 2 Team

No lecture tomorrow (02.07.2024)

Geschrieben am 01.07.24 von Andrea Volkamer

Dear all,

please excuse the short notice, but due to illness I need to cancel tomorrows (Tuesday, 2.7.2024) lecture.

See you all again on Thursday, 4.7.2024.

Best regards,

Andrea Volkamer

Klausurtermin

Geschrieben am 20.06.24 von Ana Shikhiashvili

Liebe Studierende,

die Klausur findet am 23.07.2024 um 14:00 in E2.1, Raum 007 statt. Die Anmeldung in LSF ist bereits freigeschaltet und die An- und Abmeldefrist endet am 16.07.2024. Weitere Details zur Klausur werden in den nächsten Wochen folgen.

Liebe Grüße,

 

Ersatz für Tutorium am Dienstag

Geschrieben am 19.05.24 von Maximilian Bähr

Liebe Bioinformatik Studierende,

da am Montag Feriertag ist entfällt auch das Tutorium, und auch die Office Hour am Freitag wird euch nichts für das aktuelle Blatt helfen, da die Abgabe ja am Donnerstag ist.

 

Wir haben und also dazu entschlossen am Dienstag um 16:00 eine Office Hour… Weiterlesen

Liebe Bioinformatik Studierende,

da am Montag Feriertag ist entfällt auch das Tutorium, und auch die Office Hour am Freitag wird euch nichts für das aktuelle Blatt helfen, da die Abgabe ja am Donnerstag ist.

 

Wir haben und also dazu entschlossen am Dienstag um 16:00 eine Office Hour anzubieten. 

 

Liebe Grüße, eure Tutoren.

Erstes Übungsblatt und Abgabeteams

Geschrieben am 18.04.24 von Katharina Buchthal

Liebe Bioinformatik Studierende,

das erste Übungsblatt ist nun hochgeladen.

Noch eine kleine Erinnerung: ihr habt noch bis heute (23:59 Uhr) Zeit, Abgabeteams (aus zwei Personen) im CMS zu erstellen (Persönliche Statusseite). 

 

 
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Bioinformatik 2

 

Diese Veranstaltung schließt an die Bioinformatik I Vorlesung an und wird ebenfalls in Deutsch gehalten. Während in der Bioinformatik I der Schwerpunkt auf sequenzbasierten Bioinformatikmethoden liegt, fokussiert sich die Bioinformatik 2 Vorlesung auf die bioinformatische Theorie und Praxis von molekularen Strukturen und Interaktionen. Mit unter zu den Themen gehören:

  • Strukturen von Proteinen
  • Zuweisung und Vorhersage von Sekundärstrukturen
  • Deep Learning
  • Homologie Modellierung
  • Molekulares Docking

 

Vorkenntnisse

  • Mathematik für Informatiker I - II
  • Biostatslab
  • Programmierung II
  • Bioinformatik I
  • C++-Programmierung unter Linux

 

Vorlesungen

Dienstag, 14:15-16:00, Gebäude E2.1, Hörsaal 007
Donnerstag, 14:15-16:00, Gebäude E2.1, Hörsaal 007

Die erste Vorlesung Dienstag findet am Dienstag den 16.04 statt.

 

Tutorien

Montag, 16:15-17:45, Gebäude E2.1, tba

 

Voraussetzung zur Scheinvergabe

  • Erfolgreiches Bearbeiten der Übungen
    • 50% Theoriepunkte
    • 50% Praxispunkte
  • Bestehen der Klausur
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