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Overlap graph greedyGeschrieben am 26.11.25 von Johanna Schmitz Hallo zusammen, wie auch schon eben in der Übung besprochen, gibt es verschiedene Greedy Heuristiken um die Knoten zu verbinden. Hallo zusammen, wie auch schon eben in der Übung besprochen, gibt es verschiedene Greedy Heuristiken um die Knoten zu verbinden. |
Assignment 05Geschrieben am 26.11.25 von Sven Rahmann Viel Spass mit Assignment 05 (suffix trees, arrays, bwt)! |
Programmieraufgaben + Office HourGeschrieben am 25.11.25 von Johanna Schmitz Hallo zusammen, bitte gebt die Programmieraufgaben in Python ab. |
Übungsblatt 4 + Korrekturen auf Blatt 3Geschrieben am 18.11.25 von Sven Rahmann Blatt 4 ist online! Auf Blatt 3 waren leider kleine Fehler in den Aufgaben 03.5 und 03.6, aber niemand hat gemeckert. Vermutlich haben alle verstanden, was gemeint war. Zur Sicherheit ist jetzt das korrigierte Blatt 3 hochgeladen; in der Übung werden die "richtigen" Aufgaben besprochen. |
Übung 12.11. entfälltGeschrieben am 10.11.25 (letzte Änderung am 18.11.25) von Jens Zentgraf Wie bereits in der Übung angekündigt, findet diese Woche Mittwoch (12.11.) keine Übung statt. |
Übungsblatt 3 für 2 WochenGeschrieben am 04.11.25 (letzte Änderung am 04.11.25) von Sven Rahmann Wir haben Übungsblatt 3 hochgeladen. Es sind viele Aufgaben zum Alignment, aber auch 2 Wochen Zeit! Die Folien zum MSA werden so bald wie möglich nachgeliefert. Viele Aufgaben beziehen sich aber auf paarweises Alignment, so dass die Folien dafür nicht notwendig sind. |
Keine Office Hour am 31.10.Geschrieben am 30.10.25 (letzte Änderung am 04.11.25) von Johanna Schmitz Hallo, wie bereits im Tutorium angekündigt, findet morgen keine Office Hour statt. |
Materialen und AufgabenGeschrieben am 17.10.25 von Sven Rahmann In der Kategorie Informationen -> Materialien finden Sie jetzt Vorlesungsfolien für diese und nächste Woche, sowie das erste Aufgabenblatt, das bis MONTAG 27.10. bearbeitet werden soll. |
Tutorial und Office HourGeschrieben am 17.10.25 von Johanna Schmitz Hallo, |
Bioinformatik 1
Hinweis: Die Vorlesung wird auf Deutsch gehalten; das Material wird aber (zumindest zum Teil) auf Englisch sein.
Basic mandatory course, B.Sc. Bioinformatics, Saarland University.
This course is not available for credit points to students of other programs! You are welcome to audit, but will not get ECTS.
| Prerequisites | Mathematics (MInf1+Minf2, especially some analysis and linear algebra); solid programming skills |
| Credits | 9 ECTS credits |
| Required time | 4V+2Ü (4 hours of lectures, 2 hours of tutorials per week) |
| Language | Deutsch (Material in English!) |
| Exam | written; no prerequisites |
| Registration | click on Registration in the menu header |
| Details | Materials will be available after registration under Information > Materials |
| Times |
Lectures: Tuesday 14-16 in E2.1 001, and Thursday 14-16 in E2.1 001. |
| Mode | lecture in presence |
| Link | https://cms.sic.saarland/bioinformatik1_25/ |
| Instructor | Prof. Dr. Sven Rahmann |
| Tutorials | M. Sc. Johanna Schmitz |
Target audience
This course is offered as a basic lecture in the B.Sc. Bioinformatics program.
It should be taken in the 3rd semester, after completing MInf1 and MInf2, as well as Programming 1 & 2.
It should be taken in parallel to BioStatsLab during the B.Sc. Bioinformatics program.
You will need some programming skills in order to work on practical assignments.
Best would be Python, but you can use a language of your choice.
Please do not waste your time by attempting this course without a solid basis in programming.