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Bioinformatik 2
Diese Veranstaltung schließt an die Bioinformatik 1 Vorlesung an und wird ebenfalls in Deutsch gehalten. Während in der Bioinformatik 1 der Schwerpunkt auf sequenzbasierten Bioinformatikmethoden liegt, fokussiert sich die Bioinformatik 2 Vorlesung auf die bioinformatische Theorie und Praxis von molekularen Strukturen und Interaktionen. Themen sind unter anderem:
- Strukturen von Proteinen
- Zuweisung und Vorhersage von Sekundärstrukturen
- Supervised Machine Learning
- Deep Learning
- Homologie Modellierung
- Molekulares Docking
- Drug Sensitivity Prediction
- Vertrauenswürdigkeit bei KI
- Representation von Molekülen
- Clustering
- QSAR
Vorkenntnisse
Der Kurs erfordert keine formellen Voraussetzungen zur Teilnahme. Trotzdem sollten die Teilnehmer Vorkenntnisse aus folgenden Vorlesungen haben, um erfolgreich teilnehmen zu können, da wir die entsprechenden Inhalte als bekannt voraussetzen und darauf aufbauen:
- Mathematik für Informatiker 1 und 2
- Biostatslab oder Mathematik für Informatiker 3
- Programmierung 2
- Bioinformatik 1
Außerdem sind zur Klausurzulassung auch Python Programmierkenntnisse notwendig (siehe Abschnitt Klausurzulassung). In der ersten Vorlesung wird es eine Einführung in Python geben, die sich speziell an Teilnehmer richtet, die schon andere Programmiersprachen beherrschen (zB. aus Programmierung 2 und Bioinformatik 1), aber noch kein Python programmieren können.
Vorlesungen
Dienstag, 14:15-16:00, Gebäude E2.1, Hörsaal 007
Donnerstag, 14:15-16:00, Gebäude E2.1, Hörsaal 007
Die erste Vorlesung findet am Dienstag den 08.04.2025 in Gebäude E2.1 Raum 003 (aka der CIP Pool direkt links beim Eingang) statt.
An dem Termin halten wir keine Vorlesung im klassischen Sinn, sondern einen Python Crashkurs (siehe Abschnitt Vorkenntnisse). Deshalb bitten wir euch darum euren Laptop mitzubringen und da schon Python3, einen Texteditor eurer Wahl (zB VS Code) und git zu installieren. Außerdem braucht ihr einen Account für das SIC GitLab, um die Programmierprojekte bearbeiten zu können. Den entsprechenden Nutzernamen müsst ihr bei der Kursanmeldung mit angeben. Falls ihr eure Daten für den SIC Account nicht mehr findet, könnt ihr hier euer Passwort mit eurer studentischen E-Mail Adresse zurücksetzen.
Tutorien
Der Termin für die Tutorien wird in der ersten Vorlesung gemeinsam festgelegt.
Klausurzulassung
Um zur Klausur zugelassen zu werden muss jede der 3 nachfolgenden Bedingungen erfüllt sein:
- 50% Theoriepunkte in den Übungsblättern
- 50% Praxispunkte in den Übungsblättern
- Bestehen der Challenge
Genauere Informationen dazu werden in der ersten Vorlesung noch einmal besprochen.
Klausurtermine
tba
Voraussetzung zur Scheinvergabe
Erreichen der Klausurzulassung und Bestehen der Haupt- oder Nachklausur.
Anmeldung zum Kurs
Ihr müsst euch für den Kurs bis zum 15.04.2025 hier, im CMS, registrieren. Falls ihr die Anmeldefrist verpasst habt und trotzdem teilnehmen wollt, könnt ihr euch bei einem der Assistenten per E-Mail melden. Eine LSF Anmeldung ist für die Teilnahme nicht notwendig. Um die Klausur schreiben zu können, müsst ihr euch jedoch spätestens eine Woche vor der Haupt- bzw. Nachklausur im LSF zur Klausur anmelden.